培养方向不同 学术型硕士生教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；全日制专业学位硕士研究生是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。 招生条件不同 学术型硕士研究生不需要报考者有一定年限的工作经历。国家承认学历的本科毕业生、高职高专毕业生、自考生和网络教育学生等都可以报考。 部分全日制专业学位硕士研究生要求报考者有一定年限的工作经历，例如：工商管理硕士、公共管理硕士、工程硕士中的项目管理、教育硕士中的教育管理、体育硕士中的竞赛组织。除以上专业其它专业应届生均可报名。招生考试不同 普通硕士的招生考试只有年初的“统考”，而统考以外的专业考试则由各招生单位自行命题、阅卷。 专业硕士的招生考试有10月份的“联考”和年初的“统考”两次机会，考生可以自行选择，而这两大国家级别的考试的专业考试，也由各招生单位自行命题、阅卷。 入学难度不同 普通硕士的全国硕士研究生入学统一考试（统考）完全是严进宽出的代表。据统计，2010年研究生考试考生人数为140万，招生人数只有47.2万，录取比例为3：1。北大、清华、复旦等名牌大学，以及微电子、信息科学、生物医药、世界经济、国际金融等热门专业，由于报考者众多，录取率更低。 全日制专业学位硕士研究生的招生考试有10月份的“联考”和年初的“统考”两次机会，考生可自行选择。这两大国家级别考试的专业考试，是由各招生单位自行命题、阅卷。不同专业的入学难度各不相同，热门专业相对难一些。例如，2004年上海复旦、交大、财大三所高校MBA的录取比例在6：1左右；2004年全国法律硕士录取率则不到10％。此外，“联考”和“统考”的难度也不一样，由于“统考”考生远多于“联考”考生，考试竞争激烈程度自然也大。不过，“联考”的考试虽容易，但录取时更看重申请者的工作背景和经验。 学习费用不同 学术型硕士录取为国家计划内（非定向、定向）的硕士生按国家规定享受免学费待遇。录取为国家计划外（委托培养、自筹经费）的硕士生须缴纳学费，一般为8000元/年，不同专业有所不同。对于自筹经费生、特困生等考生可通过申请国家助学贷款或者商业贷款缓解学费的压力。 专业硕士学费按照不同专业类别差别较大。例如，MBA的学费要十几甚至几十万元，而工程硕士的学费一般为3－4万元。专业硕士学位一般不能申请国家助学贷款。 文凭颁发不同 学术型硕士同时颁发学位和学历证书。 大多数全日制专业学位硕士只授予学位证书，没有学历证书。但也有例外，例如工商管理硕士、法律硕士、临床医学硕士、建筑学硕士等，就同时颁发学位和学历证书。大体来看，“统考”生拿“双证”，“联考”生拿“单证”。
